Parafia św. Jana Apostoła i Ewangelisty jest jedną z młodszych parafii naszej diecezji – powstała zaledwie w 1990 r. Pomimo niedługiej historii, dysponuje zabytkowym neogotyckim kościołem wybudowanym w latach 1878 – 1879 (niektóre źródła podają lata 1872 – 1892). Budowa kościoła związana jest z rozwojem gminy ewangelickiej w Fordonie. Ten niewielki kościół jest świątynią poewangelicką. W 1878 r. kościół wyposażono w dwa dzwony z brązu oraz organy Wilhelma Sauera z Frankfurtu.
Kościół został uroczyście konsekrowany 27 listopada 1879 roku przez Radcę Konsekralnego Superintendenta Taube. Po zakończeniu II wojny światowej diecezja pelplińska rozpoczęła starania, by przejąć gmach świątyni. Nie od razu się to udało. W latach 50.-70. XX w. pełnił on funkcję magazynu odzieży ochronnej, a wcześniej magazynu zboża. Dzięki staraniom proboszcza parafii św. Mikołaja, ks. Stanisława Grunta, w 1983 r. poewangelicki kościół został przyznany Parafii Św. Mikołaja. Przejęty budynek kościoła był bardzo zdewastowany. Musiano dokonać kapitalnego remontu, który trwał dwa lata. 27 grudnia 1985 roku biskup chełmiński, ks. Marian Przykucki poświęcił wyremontowany kościół, który otrzymał wezwanie św. Jana Apostoła. Ale kościołem parafialnym świątynia jeszcze nie była. Oddano go pod opiekę duszpasterstwu akademickiemu „Emaus”.
Dzięki staraniom kolejnego proboszcza Parafii św. Mikołaja, ks. Romana Bulińskiego, w dzielnicy Stary Fordon utworzono nową parafię. Jej erygowanie miało miejsce 1 lipca 1990 r., a jej kościołem parafialnym został dotychczasowy kościół akademicki św. Jana.
Pierwszym proboszczem parafii został ks. Stanisław Pozorski. Uroczystego poświęcenia Kościoła Św. Jana Apostoła i Ewangelisty dokonał w dnia 27 grudnia 2000 r. jej ówczesny metropolita gnieźnieński, ks. arcybiskup Henryk Muszyński.
Kolejnymi proboszczami byli:
ks. Przemysław Książek
ks. Andrzej Jasiński
25 czerwca 2010r. nowym proboszczem parafii został ks. Janusz Tomczak.