Parafia św. Jana Apostoła i Ewangelisty jest jedną z młodszych parafii naszej diecezji – powstała zaledwie w 1990 r. Pomimo niedługiej historii, dysponuje zabytkowym neogotyckim kościołem wybudowanym w latach 1877 – 1879 (niektóre źródła podają lata 1872 – 1892). Budowa kościoła związana jest z rozwojem gminy ewangelickiej w Fordonie. Ten niewielki kościół jest świątynią poewangelicką.
Kościół został uroczyście konsekrowany 27 listopada 1879 roku przez Radcę Konsekralnego Superintendenta Taube.  27 grudnia 1985 roku biskup chełmiński, ks. Marian Przykucki poświęcił wyremontowany kościół, który otrzymał wezwanie św. Jana Apostoła.

Dzięki staraniom kolejnego proboszcza, ks. Romana Bulińskiego, w dzielnicy Stary Fordon utworzono nową parafię. Jej erygowanie miało miejsce 1 lipca 1990 r., a jej kościołem parafialnym został dotychczasowy kościół akademicki św. Jana. Uroczystego poświęcenia Kościoła Św. Jana Apostoła i Ewangelisty dokonał dnia 27 grudnia 2000 r. ówczesny metropolita gnieźnieński, ks. arcybiskup Henryk Muszyński.
Pierwszym proboszczem parafii został ks. Stanisław Pozorski, a kolejnymi byli ks. Przemysław Książek i ks. Andrzej Jasiński.
25 czerwca 2010r. nowym proboszczem parafii został ks. Janusz Tomczak.